Juan José Santiváñez se ha desarrollado profesionalmente en los sectores privado y público, destacando, entre los más importantes encargos, el de Asesor Privado del Despacho del Ministro del Interior, así como de Director General de Asesoría Jurídica del Ministerio de Agricultura, habiendo sido el abogado encargado de la comisión de transferencia del referido sector.

En el 2015, fue reconocido por la importante publicación legal Latin American Top Lawyer como uno de los abogados más destacados en el área del Derecho Procesal, y entre los más importantes líderes de opinión en temas relativos a la práctica del derecho administrativo sancionador.